南京地铁3号线各站点的运营时刻表，包括林场站到 秣周东路站，共计29个站点的时刻信息，含首末车时间，该时间表为常规运营时间表，不包含节假日差异化运营时间（周五、周六日以及节假日延长的运营时间），仅供参考！
| 开往 林场 方向 | 开往 秣周东路 方向 | |||
| 车站 | 首班车 | 末班车 | 首班车 | 末班车 |
| 林场 | -- | 05:50 | 23:00 | |
| 星火路 | 06:21 | 00:19 | 05:53 | 23:03 |
| 东大成贤学院 | 06:19 | 00:17 | 05:55 | 23:05 |
| 泰冯路 | 06:16 | 00:15 | 05:58 | 23:08 |
| 天润城 | 06:14 | 00:12 | 06:00 | 23:10 |
| 柳洲东路 | 06:11 | 00:09 | 06:03 | 23:13 |
| 上元门 | 06:07 | 00:05 | 06:07 | 23:17 |
| 五塘广场 | 06:05 | 00:03 | 06:09 | 23:19 |
| 小市 | 06:02 | 00:00 | 06:12 | 23:22 |
| 南京站 | 06:00 | 23:58 | 06:00 | 23:24 |
| 南京林业大学·新庄 | 06:07 | 23:55 | 06:03 | 23:27 |
| 鸡鸣寺 | 06:04 | 23:51 | 06:06 | 23:31 |
| 浮桥 | 06:01 | 23:49 | 06:08 | 23:33 |
| 大行宫 | 06:00 | 23:47 | 06:00 | 23:35 |
| 常府街 | 06:15 | 23:44 | 06:02 | 23:37 |
| 夫子庙 | 06:13 | 23:42 | 06:04 | 23:39 |
| 武定门 | 06:10 | 23:40 | 06:06 | 23:42 |
| 雨花门 | 06:08 | 23:38 | 06:08 | 23:44 |
| 卡子门 | 06:06 | 23:36 | 06:10 | 23:46 |
| 大明路 | 06:04 | 23:34 | 06:00 | 23:48 |
| 明发广场 | 06:02 | 23:31 | 06:02 | 23:50 |
| 南京南站 | 06:00 | 23:29 | 06:04 | 23:53 |
| 宏运大道 | 05:57 | 23:27 | 06:06 | 23:55 |
| 胜太西路 | 05:54 | 23:24 | 06:09 | 23:58 |
| 天元西路 | 05:51 | 23:21 | 06:12 | 00:01 |
| 九龙湖 | 05:48 | 23:18 | 06:15 | 00:04 |
| 诚信大道 | 05:45 | 23:15 | 06:18 | 00:07 |
| 东大九龙湖校区 | 05:43 | 23:13 | 06:20 | 00:09 |
| 秣周东路 | 05:40 | 23:10 | -- | -- |
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